Resumen : Ce film met en avant pour la première fois à l'écran le Pokémon légendaire Arceus, qui serait à l'origine du monde.

On y voit réapparaître les autres Pokémon légendaires Dialga (le temps), Palkia (l'espace) et Giratina (les dimensions), déjà apparus dans les films 10 et 11. Un Pichu un peu spécial (avec une oreille crantée) fera également son apparition ainsi que les 3 starters de Johto : Germignon, Héricendre et Kaiminus.

Arceus a autrefois aidé le peuple de Michina en lui confiant une partie de ses pouvoirs sous la forme du Joyeau de Vie. Mais au moment de rendre à leur bienfaiteur ce qui lui appartient, les habitants décident de trahir Arceus. Arceus décide alors de revenir se venger et de détruire le monde entier ! La terrible prophétie est aujourd'hui sur le point de se réaliser alors que Sacha et ses amis sont de passage à Michina… Grâce à l'aide de Dialga, et accompagnés de leur nouvelle amie Sheena, ils vont voyager dans le temps pour corriger les erreurs du passé.