Resumen : L'histoire se déroule en 2977. Le capitaine Harlock (Albator en vf) a été condamné à mort après s'être rebellé contre la Coalition.
Pourtant, son seul but était de prévenir l'invasion imminente d'un peuple extra-terrestre : les Sylvidres.

Depuis lors, il échappe à tous ceux qui tentent de l'éliminer, parcourant l'espace à bord de son vaisseau : l'Arcadia.

Afin de l'éliminer définitivement, la Coalition choisit le jeune Yama pour infiltrer l'Arcadia et éliminer le redoutable pirate.