Resumen : Nous retrouvons les anciens pensionnaires du zoo de New York qui tentent de quitter l'île de Madagascar, après réparation de l'épave d'un vieil avion par les manchots, pour retourner chez eux. Mais voilà, ils atterrissent en catastrophe en pleine savane africaine ! Quand Alex retrouve sa famille, il doit prouver qu'il a des qualités pour devenir grand chef lion. Marty devient membre d'un troupeau de zèbres comme lui. Un hippopotame prénommé Moto-Moto tombe amoureux de Gloria, ce qui rend Melman un peu jaloux car il est tombé secrètement amoureux d'elle quand il était petit. Melman devient guérisseur de la savane mais croit qu'il va mourir à cause d'une vieille malédiction…