Résumé : Au début du 21e siècle, une guerre interplanétaire éclata. L'écosystème de la Terre a été endommagée et l'humanité a été forcée de fuir la planète. Dans cette nouvelle société, les choses qui "perturbent le cœur" comme la musique et l'art sont interdits.

48 ans plus tard, un groupe d'idole légendaire s'est ressuscité du nom de AKB0048. Considérées comme terroristes, elles doivent prendre les armes contre la "Super Alliance Galactique" pour défendre leurs carrières et leurs fans.