Résumé : Près de deux ans se sont écoulés depuis que la guerre entre l’organisation des colonies spatiales PLANT et l’Alliance Terrestre s’est terminée après une énième bataille sanglante. Nous sommes à l’ère Cosmique 73 (C.E. 73 en VO) : Cagalli Yula Athha, devenue députée, veut s’assurer que le traité signé entre les représentants des grandes puissances est bien respecté. Pour ce faire, elle part rencontrer le nouveau Chancelier Suprême de PLANT, Gilbert Durandal. Celui-ci lui fait visiter la base militaire d'Armory One mais au même moment, un groupe inconnu dérobe trois nouveaux prototypes de Mobile Suits développés par ZAFT (l’organisation militaire de PLANT). Le Minerva, un vaisseau de ZAFT, est lancé à la poursuite des voleurs. Dans ce vaisseau se trouve plusieurs jeunes pilotes dont Shinn Asuka, un adolescent perturbé qui a perdu ses parents et sa petite sœur durant la guerre opposant PLANT et l’Alliance Terrestre. Shinn et ses compagnons sont bientôt rejoints par Asran Zala ( Athrun Zala en VO), qui avait combattu pour ZAFT dans le passé.
Finalement, les voleurs de Mobiles Suits ne sont pas rattrapés mais on découvre qu’ils font partie de Phantom Pain, une organisation de l’Alliance Terrestre dirigée par Lord Djibril, le leader du groupe Blue Cosmos (qui souhaite l’éradication des Coordinateurs, des êtres humains génétiquement modifiés, afin de redonner leur suprématie aux Naturels, les humains "normaux"). Grâce à ses manipulations, Blue Cosmos parvient à faire renaître la guerre entre l'Alliance Terrestre et PLANT. Plus tard, Cagalli rejoint l’Archangel, vaisseau de l’Alliance Terrestre, et se retrouve donc dans le camp opposé à celui de l’homme qu’elle aime, Asran...