Résumé : Dorémi est la fille la plus malchanceuse du monde, c'est elle-même qui le dit ! Du moins, jusqu'au jour où elle se dirige sans le savoir vers une boutique magique tenue par la sorcière Majorika et son amie la fée Lala. Dorémi transforme sans le vouloir Majorika en une espèce de grenouille, et pour la délivrer de ce sort, la voilà obligée de devenir son apprentie-sorcière ! Dorémi, qui a toujours rêvé d'avoir des pouvoirs magiques, accepte, et entraîne par la suite ses meilleures amies Émilie (Hazuki) et Sophie (Aiko). La vie d'une apprentie sorcière est rythmée par des examens. A leur premier examen (que Dorémi passe en deux fois), elles reçoivent chacune une petite fée: Dorémi reçoit Dodo, Émilie Rere et Sophie Mimi.
Mais Majorika a une rivale, Majoruka, et alors que les 3 apprenties se retrouvent face à elle, Bibi (Pop), la petite sœur de Dorémi, les voit, et découvre leur secret. Du coup, elle devient elle aussi une apprentie. Plus tard, une nouvelle élève arrive dans la classe: elle s'appelle Loulou (Onpu) et c'est une star de la chanson. On découvre très vite que c'est l'apprentie de Majoruka ! De prime abord assez désagréable avec les 3 autres, elle devient au fur et à mesure leur amie.

Dans la 2ème saison, les filles, se voient confiées la garde de Flora, un bébé qui sera plus tard une sorcière extrêmement puissante. Elles doivent l'élever pendant un an mais ça ne sera pas de tout repos car elle devront se battre contre des sorciers qui veulent capturer le bébé. Celui qui est désigné pour la mission est le comte Philippe (Ojayide). Dans sa mission, il fait appel à un quatuor, le FLAT4, composé de 4 garçons sorciers du même âge que les filles.
En parallèle, les filles doivent encore passer des examens, mais cette fois pour vérifier la bonne santé morale et physique de Flora.

Les petites magiciennes ayant perdu leurs pouvoirs à la fin de la saison 2, elles ne peuvent plus voir la petite Flora, retournée dans le monde des Sorcières. La Reine décide de faire passer aux filles un test: elles redeviendront des apprenties si elles réussissent à faire vibrer le Cénacle des Sorcières en préparant des gâteaux et des friandises. Mais un problème se pose, les filles ne savent pas faire de pâtisseries ! Heureusement, la Reine a tout prévu. Une apprentie sorcière américano-japonaise du nom de Mindy (Momoko) va les aider. Celle-ci a vécu un temps aux États-Unis et a appris là-bas l'art de faire les gâteaux avec une sorcière qui tenait une pâtisserie. Néanmoins, sa présence va provoquer quelques petits soucis car lorsqu'elle n'est pas transformée en magicienne, elle parle très mal le japonais, d'où quelques problèmes de compréhension au sein de l'équipe !

Dans la 4ème et dernière saison, Flora se transforme en jeune fille qui a, physiquement, le même âge que Dorémi et les filles, mais toujours 3 ans mentalement ! Elle va donc vivre les mêmes aventures que ses mamans, en allant dans la même classe qu'elles et en passant les mêmes tests que les apprenties sorcières avaient passé avant elle. Dans le même temps, les filles doivent casser des sortilèges qui s'abattent sur le monde réel grâce à un petit éléphant que Flora a recueilli, Pao-chan. De plus, une fée excentrique, Baba, est libérée et aide les filles à résoudre le dernier mystère qui tient enfermée Majotourbillon, sa maîtresse. Les jeunes sorcières se retrouvent enfin face à un douloureux dilemme: elles vont devoir choisir entre rester des filles ordinaires auprès de leurs familles et de leurs amis ou devenir des sorcières immortelles et vivre avec Flora.