Resume : Timothy, dernier né de Mme Brisby, la jeune souris veuve du défunt et héroïque Jonathan Brisby, est tombé très gravement malade. Comble de malchance, le fermier du coin ne va plus tarder à labourer son champ, mettant donc en péril l'habitation de la famille souris. Il va falloir déménager mais avec le froid qui s'annonce, impossible d'envisager de sortir Timothy qui doit impérativement rester au chaud ! !
Désespéré, Brisby, aidée par le déjanté corbeau Jérémy, va trouver l'effrayant Grand Hibou, source de sagesse et de savoir, qui lui conseille d'aller quérir de l'aide auprès des rats de Nimh, des animaux à l'intelligence accrue par des manipulations génétiques...
Nicodémus, le chef des rats, accepte d'aider Brisby, car Jonathan leur avait autrefois prêté main forte avant de mourir. Tandis que Brisby s'occupe du chat du fermier, les rats vont tenter de déplacer la maison de la famille souris à l'aide de cables et de poulies... Malheureusement, Jenner, un traître opposé au projet, sabote l'opération et tue Nicodémus.
Alors que la maison de Brisby s'enfonce dangereusement dans la boue, l'amulette remise à notre héroïne par Nicodémus, révèle d'étranges pouvoirs, et soulève par magie l'habitation ! !
Une histoire poignante, qui trouvera donc un épilogue heureux !