Resume : Paris, de nos jours. Mireille Bouquet est une jeune femme solitaire qui exerce en secret l'activité de tueuse, et sa grande habileté avec une arme à feu lui a value une belle réputation. Sa rencontre un jour avec la jeune Kirika Yuumura, une lycéenne réservée et introvertie qui a perdu la mémoire, et qui possède une montre à gousset dont la mélodie lui rappelle un souvenir lointain, va changer le cours de sa vie. Kirika, pour une lycéenne, semble encore plus habile qu'elle avec une arme ! Mireille accepte alors de l'aider, sous la promesse qu'une fois son passé retrouvé, elle la tuera. C'est sous le nom de Noir qu'elles commencent à travailler ensemble...

Mais des hommes à la solde d'une organisation secrète, les Soldats, commencent à les traquer. C'est également son propre passé à elle que Mireille va devoir affronter : Le nom "Noir" semble en effet cacher un mystère aussi ancestral que sanglant, et est peut-être lié à la mort de ses parents. Mireille et Kirika vont rapidement se retrouver confrontées à divers adversaires, dont l'énigmatique Chloé, et devront déjouer les machinations des Soldats...