Resume : Jim est un jeune garçon qui assure l'accueil dans une auberge. Rêvant de voyager, il essaie de combler l'ennui avec son amie la souris Gran. Un soir, un mystérieux marin boiteux lui confie un coffret que des brigands recherchent. Quand ces derniers débarquent dans l'auberge, Jim se cache et découvre alors le contenu du coffret qui n'est autre que la célèbre carte l'île au trésor du Capitaine Flint. Il décide de partir aussitôt à la recherche du fabuleux butin.
Dans son bateau construit avec un tonneau, il parcourt les mers avec Gran mais se fait capturer par le Capitaine Silver et sa bande de pirates qui le vendent sur l'Île aux Pirates. Il se fait également voler la carte par Baron, un homme de main du Capitaine Silver. Jeté dans un cachot, Jim y fait la connaissance de la téméraire Kathy, petite-fille du Capitaine Flint.
Réussissant à s'échapper et à récupérer la carte avec l'aide de cette dernière, ils repartent en mer à la recherche du trésor. Néanmoins les pirates feront tout leur possible pour les doubler à travers diverses ruses et coups bas...