Résumé : Haruka Nanase est un jeune garçon féru de natation. Avec ses camarades de l'école primaire, Nagisa Hazuki, Makoto Tachibana, et Rin Matsuoka, ils participent à un tournoi de natation, qu'ils remportent. Mais à la fin de l'année scolaire, les quatre copains prennent des chemins différents et se séparent.

Quelques années plus tard, Haruka, Nagisa et Makoto se retrouvent au lycée Iwatobi. Mais Rin, qui était parti vivre et étudier en Australie, refait son apparition et défie Haruka dans une course à la nage. Haruka, perdant face à Rin, décide, avec ses deux amis, ainsi qu'une nouvelle recrue, Rei Ryugazaki, de fonder le club de natation Iwatobi pour se mesurer à Rin, qui lui a rejoint l'école de natation Samezuka.